Hướng dẫn của Bộ Tài chính tập trung vào việc khấu trừ, hoàn thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB), thuế giá trị gia tăng (GTGT) ở khâu nhập khẩu đối với hàng hóa chịu thuế ngay khi nhập khẩu từ nước ngoài vào khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu (KKTCK), sau đó xuất khẩu ra nước ngoài, bán cho các doanh nghiệp giữa các khu phi thuế quan thuộc KKTCK hoặc bán miễn thuế cho khách tham quan du lịch khu phi thuế quan thuộc KKTCK.

Cụ thể, hàng hóa chịu thuế ngay khi nhập khẩu từ nước ngoài vào khu phi thuế quan quy định tại mục II, phụ lục II, ban hành kèm theo Thông tư số 109/2014/TT-BTC thuộc đối tượng chịu thuế nhập khẩu, thuế TTĐB (nếu có), thuế GTGT khi nhập khẩu (không áp dụng cơ chế khu phi thuế quan).

Sau đó, thực hiện quy định về thuế (thuế nhập khẩu, thuế TTĐB, thuế GTGT) tương tự như hàng hóa nhập khẩu tiêu thụ trong nước rồi xuất khẩu ra nước ngoài. Cụ thể, được xét hoàn thuế nhập khẩu; được hoàn thuế TTĐB theo quy định; được áp dụng mức thuế suất 0% và được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào nếu đủ điều kiện theo quy định.

Khi bán cho các doanh nghiệp giữa các khu phi thuế quan thuộc KKTCK, thực hiện quy định về thuế tương tự như hàng hóa nhập khẩu tiêu thụ trong nước. Cụ thể, không hoàn thuế nhập khẩu; không hoàn thuế TTĐB (nếu có); không áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%, nhưng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào (theo mức thuế suất áp dụng đối với loại hàng hóa đó) nếu đủ điều kiện theo quy định.

Trường hợp thương nhân kinh doanh đã bán hàng miễn thuế cho khách tham quan du lịch khu phi thuế quan thuộc KKTCK (với giá không bao gồm thuế) thì được hoàn thuế nhập khẩu, thuế GTGT tương ứng với số lượng hàng hóa thực tế bán cho đúng đối tượng được miễn thuế.

Liên quan đến vướng mắc đối với hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài vào khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu theo quy định tại Quyết định số 72/2013/QĐ-TTg, theo hướng dẫn của Bộ Tài chính, đối với hàng hóa chịu thuế ngay khi nhập khẩu từ nước ngoài vào khu phi thuế quan thuộc KKTCK mà đã nhập khẩu từ nước ngoài vào khu phi thuế quan thuộc KKTCK trước ngày 01/10/2014, nhưng còn tồn kho đến ngày Thông tư 109/2014/TT-BTC có hiệu lực thi hành thì vẫn tiếp tục thực hiện chính sách thuế GTGT, thuế TTĐB, thuế nhập khẩu theo quy định (áp dụng đối với hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài vào khu phi thuế quan, không phải chịu thuế ngay khi nhập khẩu).

Tuy nhiên, doanh nghiệp phải lập bảng kê số lượng hàng hóa còn tồn kho trước ngày 01/10/2014 để cơ quan hải quan quản lý lượng hàng hóa tồn kho, đảm bảo doanh nghiệp xuất hàng bán đúng đối tượng./.

H.L