Khoản 1 Điều 156 Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật quy định: “Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng từ thời điểm bắt đầu có hiệu lực. Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng đối với hành vì xảy ra tại thời điểm mà văn bản đó đang có hiệu lực. Trong trường hợp quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực trở về trước thì áp dụng theo quy định đó”.

Tại khoản 7 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 quy định, nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu thuộc đối tượng được miễn thuế nhập khẩu.

Cũng tại điểm d khoản 1 Điều 19 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH12 quy định: “Người nộp thuế đã nộp thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã đưa vào sản xuất hàng hóa xuất khẩu và đã xuất khẩu sản phẩm” thuộc trường hợp được hoàn thuế nhập khẩu.

Ngoài ra, khoản 2 Điều 21 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 quy định: “Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu nhưng chưa xuất khẩu sản phẩm; hàng hóa kinh doanh tạm nhập, tái xuất nhưng chưa tái xuất thuộc các tờ khai đăng ký với cơ quan Hải quan trước ngày luật này có hiệu lực thi hành, chưa nộp thuế thì được áp dụng theo quy định của luật này”.

Đối chiếu với các quy định hiện hành, ngày 29/1/2024, Bộ Tài chính đã có công văn số 1146/BTC- TCHQ hướng dẫn không hoàn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu trước ngày 1/9/2016, đã nộp thuế xuất khẩu và xuất khẩu sản phẩm tại chỗ sau ngày này.

Đồng thời, các quy định nêu trên cũng không quy định nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu, đã nộp thuế nhập khẩu trước ngày 1/9/2016, nhưng xuất khẩu sản phẩm tại chỗ sau ngày 1/9/2016 được áp dụng chính sách thuế theo quy định tại Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 45/2005/QH11.