Hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót đã được bổ sung thực hiện theo mẫu biểu gần nhất của kỳ tính thuế mà người nộp thuế đã nộp cho cơ quan thuế.
Trường hợp người nộp thuế vừa có kinh doanh mặt hàng thuộc đối tượng chịu thuế và không chịu thuế GTGT mà không tách riêng được thuế GTGT mua vào phục vụ cho từng đối tượng chịu thuế và không chịu thuế, thì người nộp thuế phải xác định riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ.